L'appareil doit être vidangé au minimum une fois par an s'il n'y a pas de pollution accidentelle.

Il sera remis en eau après l'opération. Plus généralement l'utilisateur doit contracter un protocole avec une société agréée et définir dans ce dernier la périodicité de ces opérations. La fréquence de maintenance est fonction de l'appareil et de l'expérience opérationnelle.

Il est recommandé de procéder à une vidange lorsque la moitié du volume de boues ou 70% de la capacité de stockage du séparateur est atteinte. Dans tous les cas, nous préconisons un curage intégral du séparateur à la fin de tout chantier ayant généré un apport de boues ainsi qu’un curage annuel du séparateur (boues + hydrocarbures : conservez le BSDD, Bordereau de Suivi des Déchets Dangereux).

La règlementation et les décrets en matière de prévention des accidents et de manipulation des matières dangereuses doivent être respectées.

Les rapports de nettoyage et de maintenance doivent être conservés et tenus à la disposition des autorités sur demande. Ils doivent inclure les certificat de destruction et mentionner les remarques sur des évenements spécifiques (réparations, accidents, dysfonctionnements, etc.)

La production d'un tel document peut être demandée par les organismes compétents : DRIRE, Agences de l'eau, Agences de Bassin DDAF & DDE, Syndicats d'adduction d'eaux potables.

Il est essentiel d'aérer soigneusement le séparateur dans les cas exceptionnels où il est nécessaire d'y entrer.

Selon la norme NF EN 858-2, la maintenance du système doit être réalisée au moins tous les six mois par du personnel qualifié, au minimum sur les parties suivantes :
- détermination du volume de boues;
- mesure de l'épaisseur des liquides légers;
- vérification du fonctionnement de l'obturateur automatique;
- vérification du fonctionnement du dispositif d'alarme;
- en cas de différence de niveaux d'eau importante entre les compartiments, contrôle de l'étanchéité des dispositifs de coalescence;
- nettoyage de la canalisation d'évacuation;

Au maximum tous les cinq ans, l'installation doit être vidangée et soumise à une inspection générale :
- étanchéité de l'installation;
- état structurel;
- revêtements internes;
- état des parties intégrées;
- état des dispositifs électriques;
- vérification du réglage de l'obturateur automatique.